El máximo órgano de gobierno de la Asociación es la Asamblea General, integrada por los socios Fundadores y los socios Numerarios, quienes designan entre sí a un Presidente que se sitúa como representante legal y al Director Gerente.

Las principales funciones de la Asamblea General son la aprobación de las cuentas, el presupuesto y la gestión, el nombramiento del Director Gerente, la admisión de nuevos socios numerarios, la firma de conciertos de cooperación y la modificación de los Estatutos.

El órgano de gestión y administración, por delegación de la Asamblea General, es la Junta Directiva, compuesta actualmente por el Presidente, seis vocales y el Director Gerente. Sus funciones se centran en la confección y administración del presupuesto, la resolución sobre propuestas de trabajos de investigación y sobre la admisión de nuevos miembros asociados y colaboradores y el nombramiento de los Directores de Equipo.

La dirección y coordinación de las actividades científico-técnicas y económico-administrativas de la Asociación corresponden al Director Gerente. La Dirección-Gerencia se estructura en Equipos de Trabajos, al frente de los cuales se encuentran los Directores de Equipos nombrados por la Junta Ejecutiva. Éstos tienen a su cargo la dirección de las actividades científico-técnicas y gozan de autonomía, aunque están sometidos al control presupuestario y de gestión del Director Gerente.